Ciudad Victoria, Tamaulipas.- El ascenso político de Eugenio Hernández fue meteórico, pero su caída lo fue aún más.
Se afilió al PRI en 1997. En 1999 fue coordinador estatal de la campaña presidencial de Francisco Labastida Ochoa y en ese mismo año fue elegido secretario general adjunto del Comité Directivo Estatal.
En el año 2000 fue electo diputado federal, sin embargo, ese mismo año pidió licencia como diputado para buscar la presidencia municipal de Ciudad Victoria, la cual ganó y asumió el cargo en 2001.
El 14 de noviembre de 2004 fue electo gobernador con el 58.26% de la votación.
Su mandato concluyó el 31 de diciembre de 2010, dejando una deuda pública exorbitante, un incalculable número de desparecidos; y el territorio lleno de sangre.
Fue en su mandato, donde fue ejecutado el candidato priista a la gubernatura, Rodolfo Torre Cantú.
En 2011, Eugenio Hernández se mudó a vivir al estado de Quintana Roo.
En 2012, la Subprocuradoría de Investigaciones Especializadas en Delincuencia Organizada (SIEDO) le incautó ocho propiedades residenciales en la zona de Cancún y dos más en Playa del Carmen, porque se le investigaba por lavado de dinero.
El 3 de julio de 2014, la Administración para el Control de Drogas de los Estados Unidos (DEA) informó de las actividades ilícitas que presuntamente cometió para lavar dinero en aquel país.
El 19 de junio de 2015 se hizo público que la Corte Federal de los Estados Unidos emitió desde el mes anterior una orden de arresto contra Hernández Flores por el delito de lavado de dinero.
El 6 de octubre de 2017, fue arrestado en Ciudad Victoria, acusado de los delitos de peculado y lavado de dinero.
El 17 de diciembre de 2017 el Gobierno de Estados lo pidió en extradición.
El 2 de marzo el Secretario de Relaciones Exteriores resolvió conceder la extradición hacia el vecino país del norte.
